Microorganismos de suelos agronómicos: ¿cómo evaluarlos?

Microorganismos de suelos agronómicos: ¿cómo evaluarlos?

Microorganismos de suelos agronómicos: ¿cómo evaluarlos?

Por definición, los microorganismos son aquellos seres vivos que no podemos observar a simple vista. A pesar de que algunos desarrollan estructuras macroscópicas, como las estructuras reproductivas de algunos hongos y las biopelículas de algas o bacterias, en general necesitamos utilizar instrumentos específicos para verlos (lupas, microscopios, etc.). Además, debido a su pequeño tamaño, la mayoría ni siquiera son identificables con los microscopios ópticos al mayor aumento, por lo que técnicas como el cultivo o la secuenciación de su material genético son indispensables para evaluar su diversidad.

Algunas de las técnicas más utilizadas para el análisis de microorganismos del suelo son:

  • Microscopía óptica: la muestra de suelo se mezcla con una solución acuosa y se observa una gota entre dos placas de vidrio. El aumento se produce por una combinación de lentes ópticos ubicados tanto sobre el objetivo como en el ocular. Protozoos, algas, nemátodos, hongos y cianobacterias son típicamente analizados con esta técnica. Puede complementarse con el uso de tinciones para mayor contraste. Una desventaja es que el resultado depende de la habilidad del observador para diferenciar morfológicamente los organismos.
  • Medios de cultivo: se genera una solución de suelo que luego se filtra y se siembra en tubos o placas con medios de cultivo nutritivos para el crecimiento de microorganismos. Su ventaja es que permite aislar un microorganismo para estudiarlo con mayor profundidad. Una desventaja es que solo selecciona aquellos pocos organismos capaces de crecer rápidamente en el medio de cultivo específico.
  • Métodos moleculares: se extraen biomoléculas como metabolitos, proteínas o ácidos nucleicos (ADN o ARN) desde una muestra de suelo, y luego se identifican comparándolas con una base de datos. Una de las ventajas de la identificación molecular es que identifica incluso a aquellos microorganismos que no son cultivables (más del 90% del total), por lo que extraer e identificar sus moléculas nos entrega una mejor fotografía en un ambiente tan diverso como el suelo. Además, su identificación se realiza mediante el uso de herramientas informáticas, por lo que no está sujeta a la subjetividad del observador humano.

Dentro de las técnicas moleculares, una de las más utilizadas es la extracción y secuenciación de ADN. Debido a la estabilidad de estas moléculas, su fácil extracción y la existencia de grandes bases de datos, nos permite identificar rápidamente y con alta confianza los microorganismos presentes en el suelo. En AMecological contamos con esta tecnología de punta, que nos permitirá extraer ADN en terreno para evitar variaciones en el traslado de la muestra, y equipos de secuenciación molecular propios que nos permitirán tener resultados confiables en pocas horas.

 

Lectura recomendada:

Fierer, Noah. «Embracing the Unknown: Disentangling the Complexities of the Soil Microbiome». Nature Reviews Microbiology 15, n.o 10 (octubre de 2017): 579-90. https://doi.org/10.1038/nrmicro.2017.87.

Schloter, Michael, Paolo Nannipieri, Søren J. Sørensen, y Jan Dirk van Elsas. «Microbial Indicators for Soil Quality». Biology and Fertility of Soils 54, n.o 1 (enero de 2018): 1-10. https://doi.org/10.1007/s00374-017-1248-3

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